A pesar de las constantes pérdidas de documentos históricos del templo en época moderna, podemos documentar por primera vez la iglesia de Manresa en el año 890. Entre los años 914 y 947, el obispo Jordi de Vic consagró la iglesia de Santa María en presencia del conde Sunyer. Antes de terminar el siglo, en el año 999, sufrió el ataque de las tropas de Almanzor, que devastaron el Bages. El templo fue destruido, así como sus libros y documentos. No es hasta el año 1020 que el conde Berenguer Ramón I y su madre Ermessenda restituyen la antigua iglesia y su patrimonio. A partir de este momento también se tiene constancia de la existencia de una canónica, si bien se desconoce cuando fue creada. Ramon Amat y su hijo Ponç Ramón, que era clérigo de Manresa, donaron la iglesia de Santa María al prior del Estany para que introdujera la regla agustiniana en 1093. De esta manera se acababa con una situación de simonía, en que la propiedad de la canónica estaba en manos de un particular. Más que una donación fue imposición del obispo Berenguer y de las autoridades de la ciudad. Por este motivo Ponç Ramón encabezó la oposición a la introducción de esta reforma. Dos años más tarde encontramos un documento que nos habla de la vinculación de la canónica con Sant Pere de Vic. Parece que fue un intento por acelerar la reforma y eliminar la oposición y por eso Ponç Ramon fue nombrando abad. Pero con este nombramiento no se puso fin al conflicto y no fue hasta principios del siglo XIII que se instaura definitivamente la regla de San Agustín.

Durante los siglos XIV y XV vuelven a aparecer los problemas en el seno de la comunidad. Se intentó unir las canónicas del Estany y de Manresa, a raíz del saqueo que sufrió la canónica del Estany por parte de las tropas del castillo de Oló. Pero esta unión no prosperó.

En 1420 murió el Paborde de Manresa y se produjo una división interna a la hora de elegir su sucesor. El conflicto necesitó la intervención del obispo de Vic. A partir de entonces la vida canónica fue a la baja, hasta que fue abolida en 1592. A partir de entonces Santa María de Manresa pasó a ser una canónica dependiente del obispado de Vic.

De los dos templo prerrománicos, que precedieron a la construcción del templo románico del siglo XII, no se conserva nada, tan sólo un capitel conservado en el Museo de la Seu y que probablemente formaba parte del arco triunfal, pues tiene una cara sin esculpir. En las otras tres encontramos un trabajo bastante sencillo a base de hojas vegetales.

No está claro si en el siglo XI se construyó un nuevo templo, o bien simplemente se restauró el anterior templo prerrománico y que había sufrido los efectos del ataque de Almanzor. Algunos documentos parece que indicarían que se destruyó hasta los cimientos, pero el hecho de no encontrar restos de un edificio del siglo XI, por pequeños que sean, ha propiciado numerosas teorías al respecto. De hecho, durante muchos años se ha considerado que la galería claustral románica que se conserva fue hecha en el siglo XI y por tanto formarían parte de esta primera canónica románica, mientras que últimamente han surgido voces que defienden que, a pesar del primitivismo de sus capiteles, datan de principios del siglo XIII y por tanto no hay ningún vestigio de un templo románico del siglo XI.

Nos cuesta imaginar que una comunidad que acaba de estabilizarse y adoptar definitivamente la regla de San Agustín y que como primer objetivo se marca la construcción de un gran templo, sea la encargada de hacer un claustro muy sobrio y escultóricamente muy pobre para la época. Recordemos que la escultura románica adquiere su esplendor durante la segunda mitad del siglo XII, por lo tanto es bastante poco probable que un trabajo de estas características se hiciera en el siglo XIII y en un edificio como la sede Manresana. Por lo tanto, nos inclinamos a pensar que estos elementos formaban parte de los edificios que ayudaron a construir Berenguer Ramon I y Ermessenda a principios del siglo XI.

Estas dependencias están formadas por unas grandes galerías separadas por arcos formeros de medio punto de buena factura. Se sitúan a noroeste de la iglesia románica.

Fueron construidas para igualar el terreno con el relieve de la montaña, que vemos en una de las galerías.

Encima vemos una de las pequeñas joyas de la sede manresana. Se trata de una galería románica, que algunas fuentes afirman que formaron parte de un pequeño claustro, mientras que otros las ubican en un porche, similar al de la porta ferrada de Sant Feliu de Guíxols, y que posteriormente fueron trasladadas a este lugar. Por su estructura y dimensiones, nos cuesta creer que realmente formaran parte de un porche. Desgraciadamente, no se han conservado más alas de un posible claustro y por lo tanto tampoco se puede afirmar con rotundidad esta hipótesis.

De la galería se han conservado cuatro arcos de medio punto dovelados y apoyados en cuatro parejas de columnas. La pareja más septentrional fue construida con motivo de la reconstrucción del conjunto.

Los capiteles de estas columnas están decorados de forma muy sencilla, básicamente con motivos vegetales a excepción de un capitel donde también vemos cabezas humanas en los ángulos.

Este espacio es utilizado en la actualidad como museo lapidario donde podemos encontrar capiteles, claves de bóveda y otros elementos escultóricos de todos los tiempos.

Del templo románico del siglo XII no se conserva mucha cosa, pues fue derribado para construir la gran iglesia gótica. Era un templo de una sola nave rectangular, rematada al este por un transepto, donde se abrían tres ábsides semicirculares.

Por suerte, se aprovechó buena parte del muro norte para construir el templo gótico. El resto se derribaron. En este muro todavía se conservan dos ventanas de medio punto y doble derrame.

También se puede ver un antiguo contrafuerte románico, en el que hay sillares con marcas de cantero.

El otro elemento que aún podemos ver es el arco que comunicaba el brazo norte del transepto con la nave.

El antiguo cimborrio románico se integró en el campanario de torre, levantado en el lado norte del templo, y donde todavía se puede ver el rastro de una ventana románica.

Pero el elemento románico del siglo XII más importante es una portada. Se desconoce cuál era su emplazamiento original. Actualmente permite el acceso al claustro del siglo XVIII.

Esta portada está formada por dos arcos de medio punto. El interior está decorado por una arquivolta helicoidal, que rodea un tímpano esculpido. Este se apoya en una imposta con motivos vegetales y cabezas de animales. El tímpano que podemos ver no es el original. Los Amigos de la Seu hicieron esculpir una copia para evitar el deterioro progresivo del original.

Este se conserva en el claustro barroco. Está presidido por la imagen de María con el Niño en su regazo. Jesús tiene la mano derecha levantada en acción de bendecir y en la izquierda tiene un pergamino. Rodean a la Virgen y al Niño cuatro ángeles con incensarios.

La arquivolta se apoya en dos columnas con capiteles historiados. En el capitel de la izquierda vemos a Adán y Eva alrededor del Árbol de la Sabiduría, donde está la serpiente enroscada. En la otra cara vemos la mano de Dios expulsándolos del Paraíso. En el capitel de la derecha se representan dos hombres luchando.

El poder económico de la ciudad durante el siglo XIII tiene continuidad en el XIV, cuando se construyen numerosas iglesias, conventos, la acequia que lleva agua del Llobregat, tres puentes y dos hospitales. Es lógico pensar que la Sede también tenía que estar a la altura de las circunstancias y por lo tanto había que construir un nuevo templo más adecuado a este momento de esplendor. El 10 de Junio ​​de 1322 se decide iniciar las obras de un nuevo templo con las aportaciones de 417 personajes de la ciudad. No todos aportan la misma cantidad ni en los mismos plazos, si no que lo hacen de acuerdo con sus posibilidades económicas y sociales. Así pues, unos días más tarde, el 30 de Junio, se decide contratar a Berenguer de Montagut, constructor de Santa María del Mar junto con Ramon Despuig, como maestro mayor. A él se debe el diseño del templo y la construcción de la primera etapa. No fue la única obra hecha en Manresa por este arquitecto, pues también fue el artífice del Puente Nuevo y del convento del Carmen.

El segundo domingo de octubre de 1328 se bendijo la primera piedra y se empezó a construir la nueva iglesia por la cabecera.

El templo tiene planta de salón, terminada al este por un ábside poligonal.

Es un claro ejemplo de gótico catalán aunque los estudiosos no se ponen de acuerdo a la hora de describir su distribución interior. El principal problema es que no está claro si se trata de un templo de tres naves y capillas laterales entre los contrafuertes, o si por el contrario hay que considerarlo un templo de nave única con capillas laterales y un espacio que las comunica entre ellas y la nave.

La discusión radica en que las naves laterales y las capillas laterales tienen la misma altura y comparten cubierta. Este es un hecho nada habitual en el gótico catalán, así como que las naves laterales son mucho más estrechas que la nave principal, sin guardar la proporción de 2:1.

Pero los defensores de la teoría de las tres naves afirman que este espacio de comunicación entre capillas está diseñado como una nave, con arcos torales. Probablemente la profundidad de las capillas laterales vino obligada por la presencia de arbotantes dobles, que ayudan a descargar la fuerza de la nave principal, mucho más alta que las laterales.

Sea como sea, las dimensiones del templo lo hacen realmente especial. La nave central tiene una anchura de 18,5 metros, convirtiéndose con la más ancha del gótico catalán, después de la de la Catedral de Girona. Su altura alcanza los 35 metros y tiene una longitud, incluyendo la cabecera, de casi 70 metros.

Gracias a su estructura, permite disponer de grandes ventanales, decorados con tracerías góticas, que iluminan el templo. Desgraciadamente sus vitrales son modernos, pues los originales se destruyeron en un incendio en 1714.

En los siglos XVI y XVII se construyen varios elementos en estilo renacentista. El más importante es la cripta, que encontramos bajo el presbiterio y donde se veneran los santos patrones de la ciudad. También se construyó el campanario y la capilla del Santísimo.

A principios del siglo XX se construye el pórtico de la fachada principal y el baptisterio, situado en el ángulo suroeste, en estilo neo-gótico. Estas obras fueron proyectadas por el arquitecto Alexandre Soler i March, según unas directrices hechas por Antoni Gaudí.

En los últimos años se ha producido una importante restauración del templo, para intentar minimizar o corregir los numerosos problemas estructurales que tiene el templo. El más importante es la poca durabilidad que tiene la piedra arenisca de Manresa, que se deteriora con mucha facilidad. Por este motivo ha sido necesario sustituir buena parte de sus sillares.

En el interior del templo se conservan algunos retablos góticos de mucha importancia. El más grande es el del Espíritu Santo, obra de Pere Serra. La imagen central representa la escena de Pentecostés. El resto de escenas también hacen referencia a momentos de las Escrituras donde aparece el Espíritu Santo, como la Anunciación, el bautizo o la resurrección de Cristo. También está representada la Creación del mundo y de Adam, el nacimiento y la muerte de Jesús. En la predela está representado el Santo Entierro de Cristo, obra de Lluís Borrassà, que formaba parte de otro retablo ahora desaparecido.

Otro de los retablos está dedicado a la Trinidad, obra de Antoni Marqués. En la tabla central vemos a la Santísima Trinidad, en presencia del canónigo Bernat Masseadella. Encima encontramos a la Virgen de la Esperanza, el arcángel San Gabriel y Santa Inés. En el resto de espacios vemos la creación de Eva, el encuentro de Abraham con los tres ángeles, a Moisés ante la zarza en llamas y el bautismo de Jesús. En la predela vemos a San Andrés, San Fruitós, San Agustín y San Mauricio.

El espacio central tiene una réplica del Cristo de la Piedad, que se conserva en el Museo Episcopal de Vic.